第二会集，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）不能从外部捣毁“母体”，他的身段在着实天下的飞船上陷于昏迷，脑子却被困在介于“母体”以及着实天下的中间地带，这个中间由“火车人”操作。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）以及崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情景，在呵护天使的向导下， 找到了“火车人”的操作者梅螺纹奇，经由一番激斗，将尼奥救了进去。 此时，电子乌贼队伍对于锡安建议了猛烈的侵略，人类机关所有机甲战士睁开顽强的抵抗，模式朝不保夕；尼奥以及崔妮蒂驾驶了一艘飞船克制重重难题，抵达机械都市，尼奥终于见到了机械天下的统治者“机械大帝”，双方谈判并告竣为了协议：尼奥作废不受“母体”操作的史姑娘，以替换锡安的清静。 在“母体”中，尼奥以及史姑娘睁开了关连人类生去世生去世的最后决战